由于不同的益生菌具有稍微不同的功能，并且集中在沿着消化道的各个地方，含有多种菌株的益生菌补充剂总体上比仅含有一个或两个菌株的产品更有效。另一方面，酸奶中的益生菌没有抵抗胃酸、胆汁及消化酶的能力，要顺利活着到达目的地——大肠，非常不容易。这是因为许多菌株协同作用来影响我们的健康。   虽然不同的人群需要的菌株种类不太相同，但是以下的菌株是普遍适用并经过科学论证的。  嗜酸乳 （L. acidophilus）- 这是乳属物种中的菌株，它容易在壁上定居。它支持营养吸收，有助于消化乳制品。  长双歧（B. longum）-是成年人消化道中常见的细菌之一，有助于保持肠壁的完整性。

      继续坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。益生菌利于平衡被寄生者肠道内微生物，肠道微生物的平衡与否与人体的健康紧密相连。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。只有坚持服用，才能彻底将它们打败！ 所以对于肠道菌群严重失调或者胃肠病病程长的人服用益生菌一定至少要坚持到12周（即3个月），使益生菌和体内其它有益菌的优势化。

      益生菌必须是“活的”，才能起到健康作用，这是益生菌产生功效的基础。当外来成分、生物体激发过敏体质人员的系统时，机体便会生成较多的球蛋白，散出组织胺从而导致身体过敏。益生菌是有生命活力的微生物，从生产(包括的筛选、生产环境、包装等)、在货架待售、食用后通过胃酸、胆汁等极端环境到达肠道——这层层考验均会消耗益生菌的活性，只有通过这些关卡并终在肠道定点繁殖存活的益生菌才能真正发挥作用。因此，有的益生菌产品虽然菌数高，但由于缺乏保护，能成功到达肠道繁殖的活菌数量其实很少。

        益生菌，也称为原生物素或生菌素，是一种对被寄生的物体有利的活性微生物。不难发现，经过发酵的食物益生菌含量比较高，但是腌制的食物一般亚比较多，所以通过营养品来补充是个更好的选择。一般来说，它定植在生殖系统、肠道系统中，可有效均衡被寄生物体体内的微环境，其主要有乳酸菌、革兰氏阳性球菌、双歧菌等等几种类别。就现在来说，国际上研究的功效强大的产品大多是由上述几种微物质所构成的复合活性益生菌，并且这些被普遍运用于食品、工业、农业以及人体健康等方向中。